Em 1191 DC, a Terceira Cruzada está arruinando a Terra Santa. Sob o manto de segredos e temidos por sua crueldade, os Assassinos pretendem parar as hostilidades, atacando os Católicos e os Muçulmanos, que estão permanentemente em guerra. No papel de Altair, personagem principal do game, os jogadores terão poder para criar caos em diversos ambientes, e experimentar a arte de um Assassino mestre.